La resonancia magnética puede ser utilizada para diagnosticar enfermedades más específicas como espina bífida oculta o lesiones cerebrales, por ejemplo, y por lo tanto es muy utilizada para sustituir otros exámenes de diagnóstico más simple, como ultrasonido o radiografía. Sin embargo, la resonancia magnética aunque parezca más complicada y necesita mayor preparación, presenta pocos riesgos para el niño pues es un examen indoloro que no necesita hacerse con anestesia general, siendo utilizado sólo uno sedante leve en niños menores de 4 años para dormirse y hacer la experiencia más agradable vel.