Existen varias causas para la anencefalia, pero la más común es la falta de ácido fólico antes y durante los primeros meses de embarazo, aunque los factores genéticos y ambientales también pueden ser los causantes de esta importante alteración del sistema nervioso central . Algunas causas menos comunes de la anencefalia son: uso de medicamentos inadecuados durante el primer mes de gestación; infecciones; radiación; intoxicación por sustancias químicas, como el plomo, por ejemplo; uso de drogas ilícitas; cambios genéticos.